כל ניתוח נושא סיכון ייחודי בהתאם לטיב ומיקום המחלה. יחד עם זאת, ניתוחי גב תחתון נחשבים לניתוחים מאוד בטוחים עם שיעורי תחלואה וסיבוכים מזעריים. רוב הסיבוכים משתייכים לבעיות בהחלמת פצע הניתוח והרעה נוירולוגית עד כדי נכות ממשית הינה תופעה נדירות ביותר.
אורך הניתוח הינו נגזרת של המחלה בגללה נערך הניתוח כך שיתכנו הבדלים משמעותיים מבחינה זו. רוב הניתוחי עמוד שדרה מותני נמשכים שעה עד שעתיים. ניתוחי קיבוע עמוד השדרה המותני הינם ארוכים מעט יותר ועשויים להימשך 3 עד 4 שעות בהתאם להיקף הניתוח ולמספר החוליות המעורבות.
כאבים באזור הניתוח שכיחים לאחר הניתוח אך ברמה נסבלת ולתקופה קצרה של ימים אחדים ברוב המקרים. מטיב הדברים ברור כי ניתוח אנדוסקופי אינו כרוך באותה המידה של כאבים לאחר הניתוח כמו במקרה של ניתוח לקיבוע עמוד השדרה.
לאחר הניתוח, אין צורך בהתנהגות מיוחדת. לרוב אין צורך בחבישת פצע הניתוח לאחר שחרור מביה"ח וניתן לרחוץ את הפצע כרגיל. ברוב המקרים, אין תפרים להוצאה. במהלך החודש הראשון לאחר הניתוח, רצויה הימנעות מאמצים גופניים משמעותיים והרמת משקל כבד. פעילות גופנית מאומצת ועבודה פיזית משמעותית יתאפשרו כ-6 עד 8 שבועות לאחר הניתוח.
תהליך ההתאוששות לאחר ניתוח עמוד שדרה מותני הוא מהיר וקל אם כי כמובן תלוי במורכבות הניתוח. כעבור שבוע עד שבועיים, מנותחים חוזרים לשגרת יום בסיסית. חזרה לעבודה תתאפשר לרוב בין 3 ל-5 שבועות לאחר הניתוח במידה ללא צורך בטיפולים נוספים. חזרה לפעילות גופנית מתאפשרת בדרך כלל כעבור 2 עד 3 חודשים.
האשפוז הנחוץ לאחר ניתוח עמוד שדרה מותני הינו ברוב המקרים בין 3 ל-4 ימים ואף פחות בניתוחים אנדוסקופיים. לאחר מכן, ישוחרר המנותח לביתו ולמקרה הצורך לטיפול שיקומי בין אם במסגרת אשפוזית לבין במסגרת מכון פיזיותרפיה או שיקום בית.